മെലാനിൻ എന്ന പിഗ്മെന്റ് ആണ് പ്രധാന കാരണം. തവിട്ട് നിറമുള്ള കണ്ണുകളിൽ ഉയർന്ന സാന്ദ്രതയിൽ മെലാനിൻ അടങ്ങിയിട്ടുണ്ട്, ഇത് പ്രകാശത്തെ ആഗിരണം ചെയ്ത് ഇരുണ്ട നിറത്തിലേക്ക് ആകുന്നു. എന്നാൽ നീലക്കണ്ണുകളിൽ വളരെ കുറച്ച് മെലാനിൻ മാത്രമേ ഉണ്ടാകൂ. അവയുടെ നിറം പിഗ്മെന്റിൽ നിന്നല്ല, മറിച്ച് ഐറിസിനുള്ളിൽ പ്രകാശം തട്ടുന്നതിലൂടെയാണ് സംഭവിക്കുന്നത്. ആകാശത്തെ നീല നിറമാക്കുന്ന ടിൻഡാൽ ഇഫക്റ്റിന് സമാനമാണിത്. മെലാനിന്റെ സാന്ദ്രത കുറവായതിനാൽ, പ്രകാശം ആഗിരണം ചെയ്യപ്പെടുന്നതിന്റെ അളവും കുറയുന്നു. പ്രകാശ തട്ടി തെറിക്കുക മൂലം മിതമായ അളവിൽ മെലാനിൻ പാളിയായി കൂടിച്ചേർന്ന് ഒരു സന്തുലിതാവസ്ഥയിൽ നിന്നാണ് പച്ച കണ്ണുകൾ ഉണ്ടാകുന്നത്. പല ജീനുകളും കണ്ണുകളുടെ നിറം നിർണയിക്കുന്നതിൽ സ്വാധീനിക്കുന്നുണ്ടെന്ന് ഗവേഷകർ വ്യക്തമാക്കുന്നു. ഒരേ കുടുംബത്തിലെ കുട്ടികൾക്ക് വ്യത്യസ്ത നിറമുള്ള കണ്ണുകൾ ഉണ്ടാകാനുള്ള കാരണവും, നീല കണ്ണുള്ള മാതാപിതാക്കൾക്ക് ചിലപ്പോൾ പച്ചയോ ഇളം തവിട്ടുനിറമോ ആയ കണ്ണുകളുള്ള കുട്ടികൾ ഉണ്ടാകാനുള്ള കാരണവും ഇതാകാമെന്നും ഗവേഷകർ ചൂണ്ടികാണിക്കുന്നു.
